Прототип на сградата е морската станция в Неапол

Варненският аквариум е приютявал тракийски бежанци и войници сочи справка в архивите. Всъщност историята на варненския аквариум датира далеч преди официалното му откриване през лятото на 1932 година. На днешната дата, през 1906-та година, княз Фердинанд възлага на Председателя на Царското зоологическо дружество д-р Парашкев Стоянов да основе морска станция в града.
 
Прототип на сградата на Аквариума се превръща морската станция в Неапол, чиито планове, скици и снимки създателят й - професор Антон Дьорн, изпраща на княза. Самият кмет на Варна тогава - професор Кръстю Мирски, обхожда района на Морската градина заедно с двама архитекти, за  да изберат подходящ терен.

Изграждането продължило повече от 4 години - чак до 1911-а, като за оборудването се водят непрекъснати преписки със сродни институти в Неапол, Триест и дори Осака.

Откриването се отлага с цели 20 години заради миналите през страната ни Балканска, Междусъюзническа и Първа световна война.

Интересна подробност е, че градената като храм на науката сграда в тези години се превръща в убежище на тракийските бежанци.

Години наред под покрива на зданието се редуват Машинното и Рибарското училища, както и представителство на Френския офицерски корпус, наблюдавал разоръжаването на армията ни по силата на Ньойския мирен договор. На 17 септември 1932 година, Борис III официално открива аквариума.

Днес сградата актуализира претенциите си на архитектурен уникат с изцяло обновена барокова фасада с изящни орнаменти на сюжети и персонажи. Доскоро сградата, обрасла с бръшлян, бе неразличима в короните на гиганстките кленове наоколо. Само каменното стълбище, като продължение на алеята, подсказваше на минувачите, че тук, преди повече от 100 години, варненци са откраднали за себе си малка част от морските тайни.

От няколко години се обсъжда бъдещата възможност за разширяване на аквариума с нови басейни и зали, изградени според съвременните стандарти в развитието на водните атракции. Подобен проект би струвал около 3 милиона евро. Допълнителният корпус би трябвало да се изгради върху терен на гърба на сегашната сграда и да гледа към морето.